在《火影忍者》剧情中，大蛇丸的“死亡”发生在动画第358集《终焉》。 这一情节是宇智波佐助与大蛇丸之间决裂的高潮，也是佐助成长过程中的关键转折。 大蛇丸是被宇智波佐助所杀。 当时大蛇丸已进入虚弱期，他试图通过“转生仪式”夺取佐助的身体，却因低估佐助的实力反遭反噬。 一直以来，大蛇丸视佐助为美的“容器”，计划在其体内实现永生。 然而佐助在大蛇丸身边隐忍多年，暗中积蓄力量，早已不是任人摆布的少年。
